近年來新興市場的基金已成為時下熱門的投資選擇之一，營利事業為獲取利潤，將閒置資金用於基金投資頗為常見，惟應特別注意，營利事業買賣基金之所得，若屬出售境外基金之利得，應與其國內之營利事業所得合併申報課徵營利事業所得稅，不適用所得稅法第4條之1有關證券交易所得停止課徵所得稅之規定。
南區國稅局表示，共同基金因註冊地區不同，分為境內基金及境外基金，境內基金指的是在國內登記註冊之基金，依現行所得稅法規定，處分境內基金所發生的利得，屬證券交易所得，於證券交易所得停徵期間，免徵營利事業所得稅，惟應申報營利事業所得基本稅額；而境外基金，係指註冊地在我國以外之地區，由國外基金公司所發行，並經行政院金融監督管理委員會證券期貨局核准在國內銷售之基金，目前我國稅法對營利事業境外投資所得並無免稅優惠。因此，營利事業如透過買賣境外基金獲有利得者，並不屬於停徵證券交易所得稅之範疇。
該局舉例說明， A公司103年度營利事業所得稅結算申報案，申報出售資產增益（包括證券、期貨、土地交易所得）1,000萬元，並同額自課稅所得額中減除，經國稅局查核發現，其中有500萬元係屬處分境外基金之利得，非屬所得稅法第4條之1停徵證券交易所得之範圍，不能自所得額中減除，國稅局乃核定增加課稅所得額500萬元，補徵稅額85萬元。
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該局特別提醒，境內外基金並不是以基金投資區域區分，營利事業於申報處分基金利得時，若無法區別境內外基金，可逕洽基金申購單位或逕上網至臺灣集中保管結算所建置之境外基金資訊觀測站